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O Grupo Bayer tem no Brasil importantes unidades de produção em suas três áreas de negócios: Saúde, Agronegócios e Materiais Inovadores.

Em São Paulo está a sede da Empresa, no bairro do Socorro, zona sul da cidade. Também está localizada nesta região da capital paulista a fábrica Cancioneiro, especializada na produção de medicamentos hormonais sólidos como, por exemplo, pílulas anticoncepcionais.

Em Belford Roxo, na região da Baixa Fluminense, no Rio de Janeiro, está o Parque Industrial da Bayer, primeira planta de produção da Empresa no Brasil. No local são fabricados produtos da Bayer CropScience e Bayer MaterialScience.